二氧化氯具有高效的殺菌作用，同時殺菌能力隨著PH值的增大而增大。當PH增大，殺傷率與氧化還原電位有關。如果使用氯氣，電位下降就會很快，而是用二氧化氯，則會讓它恒定在一個很高的氧化電位上。氯的殺菌效果取決于PH的大小，二氧化氯的殺菌效果卻幾乎不受到PH的影響。生成二氧化氯的時候，使用二氧化氯發生器副產物因反應原料的不同而不同。純二氧化氯發生器是采用亞氯酸鈉與鹽酸反應生成二氧化氯，不會跟氯氣的反應過程那樣產生對人體有害的副產物。